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En 1068, Ayraud Gassedenier, seigneur de Vouvant, fait don, pour le salut de son âme, d'un domaine à des chanoines.
Dès le XIe s., ces derniers, par d'abondants présents, participent à l'essor permanent de l'abbaye Ainsi en 1076, Guillaume VIII, comte de Poitou et duc d'Aquitaine, confirme la fondation du monastère en octroyant à nouveau des terres aux chanoines. Au milieu du XIIe s., sa petite fille fait davantage. La reine Aliénor d'Aquitaire, qui serait née à Nieul en 1122 et dont la mère repose près de la salle capitulaire, leur obtient des dotations et des privilèges supplémentaires. A sa demande, son époux, Louis VII, prend directement sous sa protection l'abbaye Saint-Vincent de Nieul-sur l'autize, qui devient "abbaye royale" en 1141.
Les nomination papales dans la deuxième moitié du XVIe s., mettent à la tête de l'abbaye une famille renommée : les Pessis de Richelieu. René est nommé abbé en 1564; Jacques, l'oncle du futur évêque de Luçon, lui succède en 1580.
Ce seront justement les Guerres de religions qui mettront à mal l'abbaye; les bâtiments sont relevés dans le courant du XVIIe s., mais en 1698 l'abbé Balthasar de la Vrillière propose le transfert de l'abbaye à La Rochelle, pour conforter la reconquête de la "Rome des Huguenots"
Admirée en 1840 par Prosper Mérimée, l'abbaye est classée Monument Historique en 1862.
Elle devient en 1968 propriété du Département de la Vendée.
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